Au cours des deux dernières décennies, la Guinée-Bissau a été confrontée à de profonds troubles politiques, marqués par des coups d'État successifs et des confrontations récurrentes entre les autorités civiles et l'armée, ainsi qu'au sein même de la sphère politique. Le dysfonctionnement de l'État exerce un impact considérable sur l'ensemble de la société, tout en fragilisant le soutien international à la société civile, entravant ainsi la consolidation de la paix et la promotion d’un développement durable. En 2007, Interpeace a initié un programme de consolidation de la paix en partenariat avec son partenaire local, Voz di Paz, à travers un processus de consultation nationale. Cette initiative a permis de recueillir les perspectives de plus de 6000 Bissau-Guinéens sur les principaux obstacles à une paix durable dans le pays. Les participants ont souligné le manque d'institutions étatiques efficaces, l'instabilité politique et institutionnelle, l'exclusion sociale ainsi que l'insuffisance d'une culture de dialogue comme des causes profondes du conflit. À la suite de cette étude, le programme se concentre désormais sur la promotion de la bonne gouvernance ainsi que sur la prévention et la résolution des conflits.

Le programme d’Interpeace en Guinée-Bissau, déployé en collaboration avec son partenaire local Voz di Paz, ambitionne de promouvoir un contrat social plus inclusif et légitime, propice à l'édification d'une société pacifique. Il s'articule autour de trois piliers fondamentaux orientant ses interventions: des services de base inclusifs visant à optimiser l’accès à des prestations de qualité grâce à une coordination accrue et une compréhension partagée des obstacles ainsi que des solutions envisageables; la prévention et la gestion des conflits, à travers le renforcement des mécanismes locaux de résolution des conflits, appuyé par des politiques efficientes et un développement des compétences; la responsabilisation, promouvant l’engagement citoyen, la réactivité institutionnelle et le dialogue, avec une attention particulière portée à la participation des jeunes.
Interpeace s'associe à l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et au Fonds des Nations Unies pour l'enfance (UNICEF) pour améliorer la gouvernance du secteur de la santé par le dialogue et la collaboration entre les autorités, les professionnels de santé et les citoyens. Elle collabore également avec des organisations de jeunesse pour réviser la Politique nationale de la jeunesse de 2015 et soutenir les actions de plaidoyer menées par les jeunes aux niveaux national et régional. Interpeace promeut encore une gouvernance foncière pacifique en soutenant un dialogue inclusif et intergénérationnel.
En 2024, l’organisation et ses partenaires ont mobilisé 4784 personnes dans le cadre de leurs quatre principaux projets, dont 2342 femmes et 943 jeunes. Cette approche a rassemblé le soutien de 14 infrastructures locales de paix qui ont permis de résoudre un total de 367 conflits. Ces quatre projets impliquaient une collaboration avec les acteurs de la sécurité et Interpeace a aidé 17 activités auprès de ce groupe cible.
